Le microbiote ou flore intestinale se compose d’environ 100 000 milliards de germes. Cette colonisation semble jouer un rôle majeur dans la genèse de certaines maladies, y compris des pathologies mentales, des dépressions. Sachant que c’est la nutrition qui détermine la composition de notre microbiote, il est important de connaître les aliments qui favorise cet équilibre .
Définition et rôle du microbiote
Nous hébergeons environ 100 000 milliards de bactéries, virus et champignons non pathogènes dans notre flore intestinale, intestin grêle et côlon. Ces germes constituent le microbiote intestinal Le microbiote de chaque individu est unique, il se forme dans les premières années de la vie : à la naissance le nouveau-né absorbe les bactéries vaginales de sa mère qui viennent ensuite coloniser ses intestins. Lors de césarienne, le nouveau-né n’est malheureusement pas en contact avec ces souches.
Sa composition évolue au fil de la vie mais il est considéré comme mature aux environs des 3 ans.
Ces micro-organismes assurent des fonctions immunitaires, digestives, neurologiques et métaboliques. En effet, ils assurent la fermentation des substrats et des résidus alimentaires non digestibles. Ils facilitent l’assimilation des nutriments grâce à un ensemble d’enzymes dont les cellules humaines sont dépourvues.
Tout comme notre empreinte digitale, le microbiote intestinal est propre à chaque individu : il est unique sur le plan qualitatif et quantitatif. Parmi les 160 espèces de bactéries que comporte en moyenne le microbiote d’un individu sain, seule la moitié est communément retrouvée d’un individu à l’autre. Il existerait cependant un socle commun de 15 à 20 espèces présentes chez tous les êtres humains, en charge des fonctions essentielles du microbiote.
Par ailleurs, il semblerait que l’on puisse distinguer des groupes de la population selon la nature des espèces qui prédominent dans leur microbiote
Probiotiques, symbiotiques, prébiotiques : leurs effets sur le microbiote
Probiotiques : ce sont des microbes vivants
Définition de l’OMS : micro-organismes vivants qui ingérés en quantité adéquate ont un effet positif sur la santé de l’individu : lactobacilles, bifidobactéries, escherichia coli non pathogènes, etc
Pré-biotiques : ce sont des substances qui soutiennent la croissance et l’activité de micro-organismes considérées comme bénéfiques pour la santé : le plus souvent il s’agit de glucides non digestibles : fibres alimentaires solubles et insolubles, des acides gras à chaîne courte.
Symbiotiques : ce sont des associations entre prébiotiques et nutriments qui leur sont favorables. Ces combinaisons de micro-organismes vivants et leurs substrats prébiotiques apportent un bénéfice pour la santé de celui qui les consomme.
La nutrition détermine la composition de notre microbiote.
La diversité est en baisse dans les pays très industrialisés dans lesquels nous consommons une nourriture ultra transformée. Or ce sont les fibres qui nourrissent toutes ces bactéries non pathogènes. Probiotiques et aliments fermentés préservent la richesse du microbiote.
Pour enrichir son microbiote, apporter tous les éléments nécessaires à la prolifération des bonnes bactéries et limiter la propagation des mauvaises : les scientifiques recommandent de privilégier les aliments suivants.
Fibres
Les fibres sont des prébiotiques, nourriture de choix des bonnes bactéries.
On les retrouve dans les légumes et fruits frais, les céréales complètes et les légumineuses.
Glucides complexes
Les glucides complexes se trouvent dans les céréales complètes (pain complet, pâtes complètes, riz complet…).
Les aliments riches en probiotiques : des bactéries bénéfiques
Les aliments ne doivent pas être pasteurisés car la pasteurisation détruit les probiotiques,
- Yaourt nature frais ( lait non pasteurisé)
- Fromage à pâte dure (Emmental, Gruyère, Comté, Parmesan, Grana Padano, Pecorino, Cheddar)
- Fromages au lait cru : Reblochon, Roquefort, Salers, Brie, Picodon, Pélardon, certains camemberts, Morbier, Mont d’Or
Les aliments fermentés, regorgent de probiotiques naturels, à condition de consommer ceux vendus au rayon frais.
- Kéfir
- Miso ( aliment japonais traditionnel qui se présente sous la forme de pâte fermentée)
- Choucroute
- Cornichons fermentés
- Kombucha : boisson fermentée à base de thé
- Tempeh : produit indonésien à base de soja fermenté
- Kimchi : boisson coréenne, chou chinois fermentée
Polyphénols
- Les polyphénols, sont des anti-oxydants connus pour leur effet protecteur du microbiote.
Ils sont présents dans les fruits rouges, le chocolat noir, l’huile l’olive ou encore le thé vert.
Oméga 3
- Les oméga-3 sont des acides gras essentiels polyinsaturés, présents en grande quantité dans l’huile de colza, les noix, les graines de chia ou de lin, ainsi que dans les petits poissons comme les sardines.
Aliments crus
- Les aliments crus possèdent des germes bénéfiques pour le microbiote intestinal (carottes râpées, salade d’endives ou de céleri etc.)
Protèines végétales
- L’ effet protecteur du microbiote par les protéines végétales a été observé. On en trouve dans les légumineuses (lentilles, pois-chiches, haricots, fèves etc.), les oléagineux (noix, amandes, graines de courge, pignons de pin etc.), le quinoa ou encore le seitan ( farine de blé dont on extrait l’amidon et le son).
Pain au levain
- Le pain au levain. Ce ferment naturel prédigère les graines et produit des nutriments bénéfiques à l’organisme.
Epices
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Les épices, comme le curcuma, le gingembre ou la cannelle, aident à réduire les bactéries néfastes.
Microbiotes et pathologies
De nombreuses études sont en cours, des recommandations dans certaines pathologies commencent à voir le jour.
Obésité et microbiote
Des études ont montré par exemple que l’obésité peut être transmise d’une souris à l’autre par transplantation de son microbiote. Mais est-ce l’obésité qui modifie le microbiote oul’inverse? Probablement les deux.
Microbiote et maladies inflammatoires
Une alimentation riche en acide gras saturés, sucre, alcool, charcuterie et produits raffinés est à éviter car elle produit en excès des molécules pro inflammatoires, des cytokines, qui causent une inflammation généralisée.
Microbiote et santé mentale
Selon les dernières recherches, être attentif au contenu de son assiette permet de diminuer les risques de stress, de dépression ou d’anxiété, grâce au microbiote intestinal. En effet, la composition de notre microbiote, ces quelques 10 000 milliards de bactéries est influencée par notre alimentation.
Le cerveau est le centre de commande du corps, mais il est soumis à des influences, notamment de l’intestin. Divers mécanismes relient l’intestin au cerveau. Le recherche commence à comprendre comment fonctionne cet axe intestin-cerveau.
Une récente étude américaine vient par exemple de démontrer que la consommation de yaourt, en raison de la présence de lactobacillus, précieux probiotique, contribue à préserver notre santé mentale, en réduisant le stress et l’anxiété. Pour mémoire les yaourts doivent être préparés à partir de lait non pasteurisé et la plupart des yaourts du commerce sont préparés avec du lait pasteurisés.
Selon l’Inserm, l’association entre dépression et microbiote n’est plus à démontrer. Des personnes dépressives présentent une altération du microbiote, certains micro-organismes sont déficitaires et d’autres sont en excès. Pour preuve : le transfert de la flore tronquée d’un individu qui souffre de dépression à un être sain suffit à déclencher une dépression chez ce dernier .C’est le nerf vague qui relie l’intestin et le cerveau et les micro-organismes à proximité de ce nerf conditionnent son activité.
C’est ainsi que la consommation importante de produits ultra- transformés ( les procédés de transformation et les additifs agissent sur le microbiote) est associé à un surrisque de dépression. Cette population de bactéries serait à l’origine de la production de plus de 90% de la sérotonine, neurotransmetteur impliqué dans la régulation du sommeil, de l’appétit, de l’humeur et de la douleur.
Des travaux récents menés sur la souris par l’Institut Pasteur suggèrent d’associer des probiotiques aux antidépresseurs pour favoriser le développement de psycho-biotiques, c’est-à-dire des bactéries capables de soigner certaines dépressions.
La psychiatrie nutritionnelle ( impact de l’alimentation sur le métabolisme et le fonctionnement du cerveau) verra t-elle le jour ?
Le régime méditerranéen, riche en légumes, fruits et céréales permettrait de diminuer de plus de 30% le risque de dépression.
Microbiote et sommeil
Il semble exister un lien entre le microbiote qui se constitue dans les 3 premières années de la vie et les schémas de sommeil. Les nourrissons dont le profil de bactéries est moins varié à 3 mois, dorment davantage dans la journée. Les enfants qui mangent à heures régulières se réveillent moins la nuit. On suppose un lien avec le microbiote : jusqu’à 30% des bactéries ont une activité qui suit un rythme diurne. Une alimentation régulière pourrait favoriser ce rythme et soutenir ainsi l’établissement du rythme circadien via le microbiote.
Effets des probiotiques en gastro entérologie : leur utilisation basée sur l’évidence
La revue médicale suisse dans un numéro de 2023 présente les motifs de traitements et indications pertinentes selon une revue technique détaillée de AGA, american gastroenterologycal association.
Le microbiote ouvre la voie à une nutrition hyper personnalisée.
La colonisation bactérienne de l’intestin joue avec l’épithélium de l’intestin un rôle majeur dans la genèse de certaines maladies : les probiotiques montrent des résultats prometteurs, mais d’autres études sont nécessaires. On peut retenir qu’il existe des preuves d’efficacité pour les pathologies suivantes
- Pouchite en cas de colite ulcéreuse
- Entérocolite nécrosante du prématurée
- Diarrhées associée aux antibiotiques.
Il n’y avait pas suffisamment de preuves pour qu’AGA fasse des recommandations concernant l’utilisation de probiotiques pour traiter l’infection à C. difficile, la maladie de Crohn, la colite ulcéreuse ou le SCI ( syndrome de l’intestin irritable). Pour ces pathologies, AGA suggère aux patients d’envisager d’arrêter les probiotiques, car il existe des coûts associés et pas suffisamment de preuves pour suggérer l’absence de danger.
Les gastro-entérologues ne devraient suggérer l’utilisation de probiotiques à leurs patients que s’il existe un bénéfice évident et devraient reconnaître que les effets des probiotiques ne sont pas spécifiques à l’espèce, mais à la souche et à la combinaison.
Le microbiome cutané
C’est l’ensemble des micro-organismes qui vivent à la surface de notre épiderme. Il est devenu indispensable de préserver les bactéries qui vivent sur notre peau car elles jouent un rôle primordial.
En effet, en dehors de l’intestin, il existe des bactéries utiles à la peau, des traitements très personnalisées pourront ainsi voir le jour. L’industrie cosmétique a mis en place de nombreux projets de recherche. Des nouveaux cosmétiques développés à partir de bactéries vivantes vont voir le jour.
De nombreuses études sont encore nécessaires pour améliorer nos connaissances à propos du microbiote et des diverses pathologies mais on pressent une véritable révolution des traitements lorsque ces connaissances seront acquises : un sinple transfert de microbiote d’un individu sain à un individu malade suffira peut-être à guérir. Mais dés maintenant les médecins doivent interroger les patients sur leur alimentation dés la première consultation.
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